全域土地整治的核心流程通常分为以下四个阶段，结合最新政策实践及实施指南梳理如下：

一、前期谋划与立项阶段

潜力调查与区域划定

基于国土变更调查、土壤调查等数据，分析土地利用现状、耕地质量及生态本底，识别耕地碎片化、建设用地低效等问题。优先选择整治需求迫切、群众基础好的区域作为实施单元，确保连片推进，并排除违背农民意愿或破坏生态红线的情形。

立项申请与方案预审

提交整治区域矢量图、资金预算、村民意见（需2/3以上同意）等材料，逐级报省级自然资源部门备案。涉及永久基本农田调整的需省级农业农村部门审核，并确保新增耕地面积≥调整面积的5%。

二、方案编制与审批阶段

实施方案编制

明确整治目标（如新增耕地≥5%）、农用地整理（耕地集中连片）、建设用地整理（拆旧复垦）、生态修复等任务。与村庄规划、“三区三线”调整方案同步编制，确保耕地和永久基本农田布局优化符合国土空间规划。

省级联合审查与合规性论证

省级自然资源部门组织专家对实施方案的科学性、合规性（如耕地占补平衡、生态保护）进行论证，重点审查永久基本农田调整比例。同步更新村庄规划数据库，并纳入国土空间规划“一张图”系统。

三、项目实施与权属调整阶段

子项目立项与实施

分类立项农用地整理（高标准农田建设）、建设用地整理（宅基地复垦）、生态修复（河道治理）等子项目，鼓励整体打包审批。采用“投资人+EPC”或PPP模式引入社会资本，执行项目法人制、招投标制及过程监管。

土地权属调整

通过互换并地、土地托管等方式集中耕地，保障农民权益；施工前剥离表土用于后期复垦。权属调整方案需经村民会议决议、公示15天无异议后报县级以上政府批准。

四、验收考评与后期管护阶段

分项验收与整体验收

子项目由行业主管部门验收（如农业农村部门验收高标准农田质量），形成验收报告。整体验收由市级自然资源部门组织，核查任务完成率、资金使用合规性及档案完整性。

后期管护与指标交易

签订3年以上管护协议，明确农田水利设施、生态修复工程的维护主体，通过卫星遥感动态监测耕地“非粮化”。节余建设用地指标可在省域内交易，收益反哺农村基础设施建设和产业振兴。

关键政策依据

规划衔接：需与“三区三线”调整方案一致，涉及永久基本农田调整需省级实地论证。资金管理：禁止挪用专项贷款，财政补助资金需专款专用，鼓励社会资本参与。生态保护：严禁破坏古树名木或占用生态保护红线，生态修复措施需符合规划。

通过以上流程，全域土地综合整治可实现耕地保护、生态修复与乡村振兴的协同推进。